مجلس الجمعية هو السلطة العليا للجمعية، ويشكل من عمداء الكليات الأعضاء. يمارس مجلس الجمعية الاختصاصات التالية:

1. وضع السياسة العامة للجمعية.
2. الموافقة على خطة نشاط الجمعية كل عام.
3. إقرار الموازنة السنوية للجمعية والمصادقة على الحساب الختامي السنوي.
4. إصدار الدوريات والنشرات والأدلة المتصلة بنشاط الجمعية.
5. اعتماد التقرير السنوي عن نشاط الجمعية.
6. تعديل النظام الأساس للجمعية وذلك طبقاً لنص المادتين 20،21 من هذا النظام.